L’Estonia fu illegalmente occupata dalle truppe sovietiche nel giugno 1940 secondo i patti tra Unione Sovietica e Germania Nazista. Il presidente fu deportato, il legittimo governo costretto alla clandestinità, la bandiera 🇪🇪 rimossa e sostituita da quella rossa.
Il governo fantoccio sovietico instaurò un regime del terrore: buona parte della elite politica, intellettuale, e culturale estone fu arrestata e assassinata dall'NKVD o deportata in Siberia.
Con l’invasione nazista del 1941 alcuni dei rimanenti membri del legittimo governo estone si unirono alla resistenza e nel 1944 formarono il Comitato Nazionale della Repubblica Estone e un governo di indipendenza nazionale in continuità con quello legittimo fino al 1940.
Il 20 settembre 1944 le forze estoni presero il controllo della sede del governo e vi issarono la bandiera 🇪🇪. Lo scopo era appunto quello di ristabilire la continuità istituzionale e statale del governo legittimo. Cinque giorni dopo, quando l’armata rossa riprese il controllo di Tallin, i membri del governo legittimo che sfuggirono alla persecuzione e deportazione sovietiche riuscirono a creare un governo estone in esilio.
Nel 1992, l’ultimo primo ministro estone in esilio rimise il proprio mandato al neoeletto presidente della Repubblica d’Estonia, Lennart Meri (che a sua volta era stato deportato in Siberia con la famiglia all’età di 11 anni).